当前位置: > 生命科学 > Pacbio实力对比,RS II 完胜 SEQUEL!

Pacbio实力对比,RS II 完胜 SEQUEL!

我们刚刚对Pacbio Sequel 的新试剂组合 (V2)进行了测试.  测试结果表明V2版本在产出和读长方面均有很大进步。目前国内各大进行Sequel测序服务的公司应该都已经更新到了V2版本试剂。除了V2试剂的更新,Pacbio对Sequel的ICS也进行了升级,运行10 hour的测序movie(之前是的Sequel和目前的RS II平台是6 hour movie)。分析软件SMRT LINK也进行了升级。
下面的数据来自于一个正在混合组装的鸟类基因组项目,基因组尚未组装完毕,所以暂时不能进行一些更详细的比较。但是单纯从序列的平均读长和N50长度上看,Pacbio RS II 平台明细比Sequel 有优势,Sequel的优势仅仅在数据产出上。也就是说如果要利用SMRT的长度长优势进行大型基因组组装,RS II平台进行测序是《新科学》极力推荐的,也是不可或缺的。目前来看Sequel只在数据量上有优势(Illumina 的优势更大)
Pacbio实力对比,RS II 完胜 SEQUEL!
一个鸟类基因组的RSII测序和 Sequel测序对比
同一个鸟类基因组的RSII 和Sequel测序读长分布

同一个鸟类基因组的RSII 和Sequel测序读长分布

另外,准确定量每一个SEQUEL的文库loading对实验人员也是一件难事,每一个SMRT Cell的产出都不稳定,实验人员无法保证Library Loading和数据产出的关系。
只有在最完美的情况下,一个Sequel SMRT-cell才会产出4-5倍的 RSII SMRT-cell产量。
Sequel的SMRT成本大约是Pacbio RSII 的3倍。因为建库上的区别,Sequel与RS II产出大于500MB的文库相比,每GB数据测序成本降低大约有30%左右。
下图显示了RSII和SEQUEL平台对于长序列测序能力的对比 (只统计每个ZMW孔中最长的数据)。 从图中可以看出,对于要测序获得 22kb以上长度的序列,RSII平台有明显的优势。同种长度下的序列,RS II 平台比SEQUEL平台大约多8%的产出。虽然SEQUEL有 30% 的价格优势,但是对于要获得真正的“长读长”序列的用户,RSII平台还是比选项。
Pacbio实力对比,RS II 完胜 SEQUEL!
另外,新科学近期会给大家带来更详细的Pacbio RS II平台和Sequel平台对比,敬请期待
支付宝赞助
微信赞助

Pacbio实力对比,RS II 完胜 SEQUEL!:等您坐沙发呢!

发表评论

表情
还能输入210个字