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HiSeq过气, NovaSeq登场! Illumina NovaSeq速览

HiSeq过气, NovaSeq登场! Illumina NovaSeq速览

在HiSeq之后,Illumina公司宣布了全新的NovaSeq 测序系统,NovaSeq的登场完全打乱现有的HiSeq的用户市场。 如果你是一个HiSeq用户,而且没有升级到NovaSeq的计划,那你很有可能会在1-2年的时间内被市场淘汰。NovaSeq的登场虽然不是HiSeqs的丧钟,但是很类似了。如果你的业务时基于Illumina平台的设备,那么在接下来的几年里,用户从HiSeq迁移到NovaSeq是市场唯一可行的选择。正如之前的各种Illumina平台也一样,Illumina也这样做过。

下表是一些统计数据, 一共有两种 NovaSeq 测序仪,型号为5000 和 6000 ,对应4种flowcell 类型 – S1, S2, S3 and S4。6000 运行了所有的4个flowcell , 5000 只运行了前2个。不是所有的 flowcell 都是可用的,  S4 计划在2018年公布。

 S1S2S3S42500 HQ4000X
Reads per flowcell (billion)1.63.36.61022.83.44
Lanes per flowcell2244888
Reads per lane (million)800165016502500250350430
Throughput per lane (Gb)24049549575062.5105129
Throughput per flowcell (Gb)480990198030005008401032
Total Lanes44881616116
Total Flowcells222222 9602
Run Throughput (Gb)960198039606000100016802064
Run Time (days)2-2.52-2.52-2.52-2.563.53

对于Hiseq X Ten, 可以简单的将X 的数据乘以 10.

NovaSeq 的读长是 2×50, 2×100 和 2x150bp.  不过目前RNA-Seq 和 exomes 测序用的是 2x75bp.

正如从上面的统计数据中看到的,NovaSeq的lane密度大大增加,这也极大地增加了数据产出。然而却有更短的运行时间。

这意味着什么呢?

目前看来HiSeq还是有优势的,但是,仅限于2018年前S4 flowcell上市前。目前HiSeq还是还是建立测序中心和大规模基因测序的最便宜平台。但是Illumina不会销售更多的HiSeq平台。

根据某匿名来源的人士,我们得到了如下的消息:

speculation from Illumina rep “X’s will be king for awhile. Cost per GB on those will likely be adjusted to keep them competitive for a long time.”

也就是说,Illumina正打算降低HiSeq的测序成本。HiSeq的优势还能领先一会会儿,暂时!!

由于原文文字太多,新科学就不完全翻译了,如果想查看更多的内容,可以查看原文

本文原文:http://www.opiniomics.org/hiseq-move-over-here-comes-nova-a-first-look-at-illumina-novaseq/

 

 

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