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分子扩增指纹MAF使测序更加“精准”

随着高通量测序的不断发展,“精准”一词深入人心,越来越多的研究集中向单个个体、单个细胞这些更加微观的区域。高通量测序过程中随机片段化,过多的PCR反应均会导致在测序的过程中存在着一定偏好性,如何让我们的测序结果能更加“精准”的反应生物体内的基因序列情况呢?

前不久,苏黎世联邦理工学院(ETH Zurich)的研究人员开发了能够确保测序质量的有效方法,并在此基础上获得了全面且准确的抗体图谱,让我们来看看他们是如何做到的吧。

Reddy及其同事创建了一个使用基因条码的控制系统,并把它命名为分子扩增指纹(molecular amplification fingerprinting, MAF),它的工作原理如图1所示:

研究者在将携带抗体生产指令的mRNA反转录为cDNA及后续的扩增过程中在cDNA的3`端与5`端分别连接了特异性的分子识别序列(FID/RID),然后在两头加上用于illumina平台上机测序的测序接头,然后在illumina平台进行高通量测序,由于每条mRNA分子两头都被打上了独一无二的“条码”,在后期的信息分析中可以精确的评估测序过程中引入的偏好,并且还可将原始抗体RNA与测序中发生突变的分子区分开,并且能够确定抗体RNA原本所占的比例。

经过与传统方式测序的数据对比评估,使用MAF的测序方式能够去除超过98%的测序偏好及错误,使得我们的测序数据能够更加贴近体内真实的免疫应答反应。

分子扩增指纹MAF使测序更加“精准”

图1 MAF工作原理图

众所周知,机体产生的抗体及其相关的免疫应答反应是极其复杂的。所以,测序抗体进行测序需要很高的灵敏性和准确性,以往的研究只能发现免疫应答中丰度较高的抗体,并且无法检测疾病早期所产生的少量抗体分子,引入MAF的抗体图谱测序能够更精确的反应机体内的免疫应答过程,这样的测序方法为获取更高分辨率的抗体图谱提供了可能,使得高通量测序数据能够在早期的癌症诊断及自身免疫疾病的研究方面提供有效的参考。

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