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如何评价华大推出的BGISEQ-500

 

一句话:bgiseq500是远超预期的、有真正实战意义的国产测序仪(估计到广告法没有加上第一或者唯一之类的词但是其实大家懂的),是一款里程碑式的产品。

先照例对老东家来一发吐槽。bgiseq500的官网 BGISEQ500。不加www无法解析,排版疑似ppt内完成然后截图上传成网页,jpg的边界超过div边框以至于文字被切掉一半,分辨率尴尬,jpg保存时质量值低到无法忍受(包括logo)(简直就是qq截图啊是不是啊就承认吧,哦好吧不是,全网页从头到尾就一张图截图截不出来),所有文字无法复制、被搜索……

哎呀跑题了,还是说说BGISEQ-500这款测序仪本身吧。

BGISEQ-500

BGISEQ-500

  • 定位:BGISeq-500(内部开发代号Zebra)从命名上就很微妙,看起来直接竞争对手就是illumina 家的NextSeq 500。之前也有两款国产测序仪,中科紫鑫BIGIS-I和华因康PSTAR-II,在这个贴里我觉得还是不要拿出来被嘲讽以及恶心老东家了。

主要参数:
通量:BGISeq-500: 8-200G,NextSeq 500:25G-120G
读长:BGISeq-500: 50SE/50PE/100SE/100PE,NextSeq 500:75SE/75PE/150PE
质量:BGISeq-500: Q30 bases > 85%,NextSeq 500:Q30 bases > 75%/80% (嘿嘿)
运行时间:BGISeq-500: ~24h,NextSeq 500:12-30h

可以说是,两家500全方位正面刚!NextSeq 500的主要目标客户就是医院、检验所级别的中小型规模应用场景,有别于Hiseq定位于测序工厂,Miseq定位于实验室高精度快速的科研用途。通量可上可下,可以做人类全基因组测序,也可以做Nifty。从官方数据上看,两家500各领风骚,各有千秋。BGISeq-500 在通量上更灵活(FCL、FCS两种芯片高低通量搭配),而Illumina家再读长上更有优势。Illumina家的测序质量经过市场检验,虽然BGISeq官方给出Q30以上的碱基达到85%,但并未根据读长、PE/SE模式给出具体数据,所以看到真正的raw data之前,我对测序质量暂且不进行评论。运行时间相当,都在一天左右,对于要求快速产出的医学检验有非常大的吸引力。

  • 技术:联合探针铆钉聚合技术(cPAS,cPAL是CG家的SBL技术,L=>S是不是意味着改成SBS?但貌似又不完全是,官方貌似完全没有使用过SBS这个词)以及惊艳的DNA纳米球技术(DNB

官方公布的两个核心技术就是cPAS和DNB。之前猜测BGISeq-500是基于边合成边测序(SBS)技术的(BGI向helicos购买了专利,可能与SBS有关?),然而现在公布的是cPAS,把CG家赖以生存的边连接边测序技术cPAL改了一个字到cPAS,是不是就算是SBS了呢?很玄妙。如果不是SBS而依然是SBL,怎么能做到100的读长而且运行时间这么短,我也很好奇,希望各位大神解毒。不排除前东家只是刻意在回避SBS这个词,即便是用了SBS,BGI应该也应该准备了足够对策(BGI近期的专利收购、illumina家的专利漏洞、我朝的专利壁垒什么的)。

DNA Nano Ball纳米球技术,依然来自CG,但是头一次现场看到解释真是非常惊艳!非常惊艳!非常惊艳!!一坨坨DNA落在纳米格里面,克服了illumina家扩增中造成的CG偏好性偏差之类的,看起来是非常美的技术。芯片密度达到光波衍射的极限,工业技术上也非常令人佩服。具体的不太懂,配一张美图(分辨率不在地,毕竟我是在『截图』画质的基础上又截了个图)。


不过这个技术带来的另一个让人好奇的地方就是,怎么实现PE(双端测序)。每个孔里只有一种分子只出一种光信号,貌似是没法直接输出成对reads的。于是我非常浅薄地猜测,PE是在建库过程中实现的,大概方案可能类似与『 后口动物胚层反转』(请有生物学基础的同学脑补)。即是一个文库的需要测序的两端,通过连接连在一起(类似于illumina家的mate pair。中间可能放几个碱基做间隔),然后再一次测通。这样有一些问题:比较重要的是,一对paired-end reads的测序质量会有显著差异(如果动用了SBS的话,3'端测序质量是回显著下降的);如果要有特殊用途,像illumina家短文库读通的reads(比如文库长度250bp而两端各测150bp,其中大约有50bp重叠区域被测了两次,相当于直接构建了一条长度250bp的read)不可实现。BGISeq-500的PE实现方式想象图(帕金森画技请欣赏)(有其他答案补充说是MDA技术,会放到BGISeq-500官网,MAD==Multiple displacement amplification?常用于单细胞测序的多重置换扩增?有待确认):

  • 价位:大概是良心机器(咳咳需售后维护),猜测是无比良心的试剂,不管是BGISeq真牛比,还是不那么牛但能倒逼无良的illumina家降价,总之大家肯定是有福了。

官方声称仪器成本比同行低三分之一(不知道是仪器售价还是成本还是运行起来以后的成本),个人基因组(没有说深度?默认30x好了)价格(还是成本?)6699,甚至低于x ten的8000左右。后续维护成本不知道如何(嘿嘿毕竟是第一台机器,不稳定什么的应该是预期以内的事情),但实际成本一定会大杀无节操的、对试剂任性定价的illumina的嚣张气焰。

总之,老东家威武。希望你大大以后出国见客户,可以带着高铁,核电,以及测序仪。

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