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Pacbio Sequel 数据通量和质量怎么样?

下文数据来自武汉未来组的Pacbio Sequel平台的数据质量和数据量统计分析,并不能代表Pacbio官方的数据质量和产出。根据新科学的经验,Pacbio Sequel平台虽然产量比Pacbio RS2提升很大,但是测序稳定性一直不如RSII平台。

Sequel一级质控的下机数据
        Sequel平台程序中包含 SMRTlink 3.1软件,可对下机数据进行一级质控,统计下机数据如下(Table 1)。
Table 1  Sequel一级质控下机数据
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与PacBio官网发布的基因组下机数据相比
        以基因组DNA,构建20K插入片段为SMRTbell模板,上机4个CELL,一级质控后每个CELL下机数据分别为5.39Gb,5.80Gb,5.92Gb,5.98Gb,Polymerase Read Length分别为11,586bp,11,703bp,11,279bp,11,211bp。PacBio官方发布的拟南芥基因组,构建20Kb片段文库,上机2个SMRTcell,下机数据共10.8G。可以看到未来组每个CELL下机数据量、数据读长与PacBio官网下机数据相当(Table 2)。
Table 2 Sequel下机数据对比
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试剂升级后的下机数据对比
        与我们之前的上机试剂v1.2和引物v2的测试结果相比,本次升级至试剂v1.2.1和引物v3后,数据产出有了较大提升,对同一文库测序,由平均1-3G上升到5-6G,并且产量稳定。
Table 3 不同版本测序试剂的测序数据统计比较
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PacBio RSII 与Sequel平台下机数据对比
        目前第三代测序项目多基于PacBio RSII平台,相对Sequel平台,通量较低,目前两者实际通量、读长差别是如何,我们用同一文库的下机数据来回答大家!
        从下表可以看到,与PacBio RSII平台下机数据相比,下机数据的平均长度已经基本持平,但是Sequel平台单个CELL的产量却有足足5倍多的增长,所以正常情况下100G的数据用RSII测序至少需要一个月,而用Sequel平台仅仅需要一周。
Table 4 PacBio RS Ⅱ与  Sequel平台下机数据对比
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