当前位置: > 生命科学 > PacBio公司发布Sequel平台最新基因组数据,读长N50超过16Kb

PacBio公司发布Sequel平台最新基因组数据,读长N50超过16Kb

Pacific Biosciences公司周二发布了拟南芥(Arabidopsis thaliana)的数据集和de novo基因组组装结果,这是首次在新款测序仪Sequel系统上完成,利用了两个SMRT Cell,运行时间为12小时。

这不是PacBio第一次发布拟南芥的数据集。三年前,他们发布了PacBio RS II的拟南芥组装结果,利用的是P4-C2试剂和85个SMRT Cell,运行时间高达255个小时。四个月后,他们利用改进的P5-C3试剂发布第二版的数据集,将SMRT Cell数量减少到46个,而时间也缩短至138小时。

在PacBio博客上,他们简单介绍了一下整个过程。纯化的拟南芥基因组DNA被剪切成32 kb左右,之后转换成SMRT bell模板,然后在BluePippin系统(Sage Science)上开展20 kb的大小选择。每个SMRT Cell上样144 pM浓度的文库,并利用改进后的试剂在Sequel系统上运行6个小时。总的来说,两个SMRT Cell产生了10.8 Gb的数据,包含在110万条序列中,其中一半的序列长度超过16,400 bp。

以下是三次组装的结果对比。

测序指标:

PacBio公司发布Sequel平台最新基因组数据,读长N50超过16Kb

组装统计:

PacBio公司发布Sequel平台最新基因组数据,读长N50超过16Kb

PacBio表示,最新的试剂改进使得DNA需求量大大减少。在这之前,在Sequel系统上运行多个大型基因组计划所需的DNA往往令人望而却步。如今,试剂改进之后,上样浓度与PacBio RS II相当。

与三年前首次发布的数据相比,拟南芥的基因组组装虽然不是开创性的,但是各方面都有了改进。这种模式生物的数据集表明,有了最新的改进,Sequel系统能够让复杂真核生物的高质量组装变得常规。据介绍,这种试剂正在测试中,将在测试完成后提供。

Sequel系统于2015年年底上市。它仍然采用PacBio经典的SMRT技术,但体积和重量仅为PacBio RS II系统的1/3左右,价格也降了不少。同时,它的测序通量也提高7倍,让测序速度更快价格更便宜。

如果你想查看此次拟南芥组装的数据,请查看下列网站:

https://downloads.pacbcloud.com/public/SequelData/ArabidopsisDemoData/

支付宝赞助
微信赞助

PacBio公司发布Sequel平台最新基因组数据,读长N50超过16Kb:等您坐沙发呢!

发表评论

表情
还能输入210个字