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三代测序数据组装Canu的安装和使用

一、Linux服务器安装canu

1.下载canu(版本canu-1.4)

首先打开Canu安装包下载网页:https://github.com/marbl/canu/releases

下载Source code并上传到服务器上:

Canu的安装和使用

2.解压文件、编译

按照一下安装步骤安装即可:

三代测序数据组装Canu的安装和使用

3.设置环境变量

安装完成后,添加环境变量:

$ vi ~/.bash_profile
 
export PATH=/public1/your-directory/canu-1.4/Linux-amd64/bin:$PATH
 
$ source ~/.bash_profile

二、安装GNUPLOT

确保你服务器有安装 GNUPLOT和1.8版本以上的JAVA

如何安装GNUPLOT?

1.下载gnuplot(版本5.0.5)

进入下载页面:https://sourceforge.net/projects/gnuplot/files/gnuplot/5.0.5/

Canu的安装和使用

2.解压文件、配置安装路径、编译

$ tar -zxvf gnuplot-5.0.5.tar.gz
 
$ ./configure --prefix=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5
$ make
$ make install

3.   配置环境变量、编译

$ vi ~/.bash_profile
 
export GNUPLOT=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5
export PATH=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5/bin:$PATH
export MANPATH=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5/share/man/man1:$MANPATH
 
$ source ~/.bash_profile

三、Canu的简单使用

1.设置spec文件

$ vi spec.txt
 
useGrid=1
gridOptions=-S /bin/bash -q all.q -l mem_free=60g
gridEngineThreadsOption=-pe mpi THREADS
gridEngineMemoryOption=-l mem_total=MEMORY
corOutCoverage=80
ovbMemory=8g
maxMemory=500g
maxThreads=48
ovsMemory=8-500g
ovsThreads=4
oeaThreads=4

2.   运行

$ canu -s spec.txt -p ecoli -d ecoli-auto genomeSize=4.8m -pacbio-raw p6.25x.fastq
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三代测序数据组装Canu的安装和使用:等您坐沙发呢!

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