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我的天!Pacbio 长文库自动建库系统

马里兰州大学基因资源中心GRC 每年要测序成千个基因组。 大量的小基因组测序人工建库耗费了大量的人力资源。他们开发了Pacbio 长文库的全自动建库系统,不但节省了人力,并且减少了错误,最大化了数据产出。

GRC之前所有的Illumina建库流程都已经自动化。由于GRC有4台Pacbio RS II系统,因此他们在年初尝试了pacbio 长文库的全自动建库,并成功应用到中心的Pacbio文库构建。

本自动建库系统基于Biomek FX实验室自动化工作站构建。自动化脚本的流程参照 Pacific Biosciences SMRT 官方资料构建。他们重新改造了平台的部分系统以方便Pacbio 长文库构建。

国内的三代测序公司可以参照此设计制造自己的自动化平台,不过建库的同学们压力好大~~。(PS:我也想自己做一个)

系统界面

Automated Preparation of Long Insert PacBio Libraries

Automated Preparation of Long Insert PacBio Libraries

Pacbio 文库构建自动化工作站

Biomek自动化工作站

自动化系统从 g-TUBEs 打断后的样品开始, 可用与 20kb 文库构建,各种混样的过程就交给机器手了,具体自动化的步骤如下:

  • DNA damage repair
  • End Repair
  • Ampure clean up
  • SMRTbell Ligation
  • Exonuclease
  • Ampure clean up

当然片段选择的 BluePippin步骤还是需要手动去做的

  manual preps robotic preps
Number of libraries (n) 91 27
Average input amount (ng of sheared gDNA) 4945 4951
Average library size (bp) 18507 18910
Average library concentration (nM) 5.1 3.5
Average recovery (ng) 902.8 707.4
Average recovery (%) 18.7 14.2

上表是自动化建库和人工建库的对比. 自动化建库的文库产出略低于人工建库.

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我的天!Pacbio 长文库自动建库系统:等您坐沙发呢!

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