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Pacbio测序测序酶读长低

DWQA QuestionsCategory: 三代Pacbio测序Pacbio测序测序酶读长低
新科学 Staff asked 5 months ago

大家,请教个问题哦,测序酶读长低。排除了上机操作,库会存着怎样的问题导致这样的现象呢?就是说上机操作没问题的。

新科学 Staff replied 5 months ago

本问题节选自:Pacbio三代测序技术QQ群:573323705

1 Answers
新科学 Staff answered 5 months ago

TBC-朱雪莉 8:37:51
@微凉 早筛选过的文库吗?
TBC-朱雪莉 8:41:03
@微凉 还是PCR?
xx兔宝宝 8:41:23
听朱姐姐开讲
TBC-朱雪莉 8:41:42
@xx兔宝宝
微凉 8:42:07
PCR的
微凉 8:42:31
谢谢朱姐,准备好听
TBC-朱雪莉 8:43:18
酶读长多短?Sequel?RSII?
xx兔宝宝 8:43:24
我很多都是请教TBC的老师们
微凉 8:43:40
RS II
微凉 8:44:20
姐姐们都是高手哦,再此先谢过
TBC-朱雪莉 8:44:27
酶读长多短?只有2000?
TBC-朱雪莉 8:44:42
大家讨论嘛
微凉 8:45:14
9000
微凉 8:45:20
别的库是16000
微凉 8:46:47
好奇怪,我上了2次,第一次出现以为是上机操作的原因,第二次我亲自做了,还这样
TBC-朱雪莉 8:48:36
可以认定是文库的问题。但原因不详
TBC-朱雪莉 8:50:49
如果酶读长特别短应该是扩增问题,可是9000就说不好了
微凉 8:51:09
哦哦,是这样的,我感觉也是建库有问题
微凉 8:51:23
扩增倒是挺明亮的呢,应该不是
xx兔宝宝 8:51:29
对,文库问题。PCR 有做切胶回收吗?
微凉 8:51:44
不做胶回收
微凉 8:52:17
做胶回收总是觉得会影响多样性,所以我从来都没有做呢
xx兔宝宝 8:52:42
16s?
微凉 8:53:06
是的
xx兔宝宝 8:58:45
可能性:1.体系里有污染物阻止酶延伸具体是什么不清楚。2、酶结合不稳定,易于掉落。也许可以重新pcr,或是重新提取DNA.降低模板量试试,纯化pcr产物。
微凉 9:04:07
好的,姐,谢谢呢