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Pacbio RS II 的RQ值(Read Quality)到底是什么?

Pacbio RS II 的RQ值(Read Quality)到底是什么?这一问题迷惑了很多的刚接触三代分析的生信人员,大部分人对Pacbio RS II 的RQ值(Read Quality)理解比较模糊。这里就探讨一下。

Pacbio官方的说法如下:

A trained prediction of a read’s mapped accuracy based on its pulse and base file characteristics (peak signal-to-noise ratio, average base QV, interpulse distance, and so on). This is used during secondary analysis filtering.

也就是说RQ值是根据一个通过map数据结果预先训练好的映射关系模型,这一模型通过输入原始数据的脉冲信息和其他基本信号特征(例如峰值信噪比,平均基准QV,脉冲间距等)得到的一个质量值,RQ是根据一条Reads的各种特征通过内部一级分析计算得到的对本Reads质量进行评判的质量,这个质量可以在后续的二级分析中用到。

值得注意的是,目前只有Pacbio RS II平台的RQ值是有意义的计算结果,SEQUEL平台的RQ值暂时并无实际意义,具体可参考测序百家的另一相关文章。

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